不管用什么手段以外科方式治疗癫痫总的来说都是破坏性的方法。用经典开刀的方式治疗如此，宣传为“不开刀治疗癫痫”的“7刀”、x“刀”也是如此。概括地讲外科治疗癫痫的方式有两大类：一是癫痫灶切除，就是将定位准确的又与重要大脑功能无关的癫痫灶切除或破坏，消灭异常放电的来源。但是大脑每一个区域甚至每一个细胞都是有功能的，只是对人的基本生活来说功能有重要和不重要的差别，一旦切除了涉及重要功能区的癫痫灶将会产生严重的后果。如果癫痫灶位于不太重要的功能区，切除后可能没有严重的合并症，不影响日常生活，但是如果做仔细的检查还会发现有很轻的大脑功能障碍。第二类是切断癫痫灶与其他部位的联系，虽然有异常放电的神经细胞还存在，因失去扩散的通道可以将异常电位禁锢使之不能发展成为大范围的放电出现临床发作。就像在切尔诺贝利核电站出现事故以后，用大量水泥将核电站封闭使之不能进一步泄露。
在癫痫灶切除的手术中以颞叶前部切除术做的较多，因为颞叶前部与癫痫关系最为密切。如病例选择合适定位准确，疗效是各类手术中效果最好的，有效率可达50%～80%。其他癫痫灶切除术疗效不如颞叶前部切除术。
阻断癫痫灶与其他部位的联系防止异常电位的扩散主要有两种方发，其一是切断左右两侧大脑半球的联系。在两侧大脑半球间有一个叫胼胝体的结构，是由横向神经纤维组成的，作用是协调两侧半球的功能达到完整统一。对于一些在脑电图上两侧半球都有异常放电的癫痫病人，物治疗难以控制发作时可以考虑这种手术。胼胝体不能完全切断只能切断1/3，否则会出现明显的大脑功能障碍叫失连接综合征，影响病人日常生活。这种手术只能减少发作频率或降低发作的严重性。近年来一种新的手术方法叫多处软脑膜下横切术。这种手术的理论依据是大脑皮质有一种叫锥体细胞的神经元，这种细胞排列整齐，它的纤维垂直于皮质，有短的横向分支负责各个细胞间的联系。在一些不能做癫痫灶切除的病人可以用一种特制的手术刀只切断横向联系纤维，不损伤垂直的纤维，既可达到防止异常电位扩散的目的，又不损伤大脑的功能。这种手术可以使50%～80%的病得到改善。
此外还有脑立体定向手术，用定向仪准确地将针状损毁器送到要损毁的局部，仅仅破坏很小范围的异常电位起源的脑组织。这种方法可使1/3的病人发作消失，1/3的病人无效，40％的病人有改善。
外科治疗不论用什么方法，都是针对全体癫痫病人中物治疗无效的难治性癫痫，而不是一旦诊断癫痫就首先采用的方法。手术后还应继续服用抗癫痫病。任何手术都有一定的风险，大脑动手术更是如此，所以一定要慎重选择合适的病人。术前定位是手术成败的关键，也不可对外科治疗的期望过高。
近年来还有所谓“不开刀治癫痫”的说法，就是所谓“ｒ刀”或X“刀”实际上是聚焦放射治疗。虽说不开刀，治疗前精确定位仍然是必不可少的。国外用这种方法来治疗癫痫的不多。用聚焦放射线破坏某部分脑组织后同样可以出脑功能障碍，因为用的是放射线，如果剂量掌握不当可以产生放射性脑损伤给病人带来严重后果，在国内已出现多次了。
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